生物芯片阅读仪是生物芯片能否得到广泛应用的重要仪器。通过生物芯片阅读仪可以将芯片上测定的结果转变成可供分析处理的图像数据，正确、有效的获取芯片上的生物信息。目前的生物芯片阅读仪主要有两种：CCD系统生物芯片阅读仪和激光共聚焦生物芯片阅读仪。主要组成部分的功能及作用：
①X向电机、Y向电机、X驱动器、Y驱动器及丝杠等组成扫描工作台，采取的扫描方式是：光源固定即光束保持不变、荧光探测器固定、扫描工作台按一定规律移动的扫描方式。这种扫描方式被称为物体扫描，其优点是轴线平直，光路稳定，可以实现大面积的扫描。简言之，本仪器就是利用光电倍增管对点像探测结合高速XY扫描实现对生物芯片信息的大量获取。所以工作台系统和荧光信号接收系统都很重要。扫描承片台可放置25mm*75mm的标准样片。
②激光器、窄带滤光片和二色分光镜等组成激光共聚焦光路；光源是两个激光器，分别用于激发cy3和cy5两种荧光染料，扫描时可以选择适当的激光器功率，也可以通过两个快门选择激光束。
③光电倍增管作为荧光信号探测器，可用来探测芯片发出的荧光信号，其增益可选。
④计算机用于处理和分析光电探测器探测到的荧光信号并合成图像。
该仪器用户可定义的扫描面积是22mm*70mm；扫描分辨率是5~100μm；灵敏度是0.2荧光分子/μm2；用户可以看到芯片扫描图像（TIFF图像或BMP图像），并可得到以Excel方式输出图像数据分析结果。
